原來元朝被朱元璋打敗後，元順帝就率眾退回了漠北，勉力維持統治，並伺機反攻。

不過蒙古的遊牧經濟根本支撐不起先前建立的大一統帝國，再加上朱元璋、朱棣不斷的分化，攻擊蒙古各部，蒙古貴族逐漸脫離黃金家族的控製，蒙古草原再次回到諸部割據的狀態。

蒙古各部在相互的攻伐中，位於草原西部的瓦剌（杜爾伯特、土爾扈特等部組成的聯盟）和位於草原東部的韃靼（察哈爾、土默特、科爾沁等部組成的聯盟）成為草原上最強的兩大部落。

因韃靼部是成吉思汗黃金家族的嫡係後裔，在草原上頗得人望，所以他們一直征伐瓦剌，希望統一蒙古各部，恢複往日的榮耀。

由於韃靼一直打著元朝的旗號，大明擔心他們卷土重來，便在攻打韃靼的同時拉攏瓦剌，以便削弱蒙古的實力。

而瓦剌為了自保，刻意將自己與黃金家族區分，並偷偷向明朝示好，暗中積蓄力量。

明成祖朱棣本是英武之人，自也明白瓦剌的用意。

所以他在重創韃靼後，並未消滅韃靼，而是封韃靼部的太保阿魯台為大明特進光祿大夫、太師、和寧王，以此牽製瓦剌。

隨後又對瓦剌用兵，儘量讓韃靼和瓦剌的勢力保持均衡，相互牽製，以免危害大明。

不過在朱棣駕崩後，仁、宣二宗對討伐蒙古各部不甚積極，加之瓦剌人才輩出，最後瓦剌的首領脫歡掌控了蒙古大汗，對蒙古各部發號施令。

在脫歡去世後，其子也先的才能與野心更勝乃父。

他在掌握北元朝政後，又將蒙古漠南、漠北、漠西以及原為明朝冊封建立的東北兀良哈三衛、女真諸衛統一了起來，隨後又對大明用兵，企圖恢複昔日河山。

而大明此時正是明英宗當家，他在太監王振的誘騙下禦駕親征，最後在內外合擊下成為了瓦拉的俘虜。

也先後來雖也敗在於謙之手，未能入主中原，恢複蒙古往日的榮光，但俘虜明英宗的戰功讓他風頭無兩，為人也越發驕橫。

他此時雖已是北元太師，但他覺得這種身份地位與他的實力並不相匹配，企圖更進一步。

他在和平謀求汗位無果後，竟與當時的岱總汗兵戎相見，岱總汗戰敗逃竄，後被他的前嶽父殺死。

也先在岱總汗死後不久，就利用他的權勢威逼蒙古各部，成為了蒙古大汗、自稱「大元天聖大可汗」，定年號為「添元」。

也先登上汗位後越發蠻橫，此時不僅黃金家族對他不滿，就連瓦拉內部也有不少人也因也先太過跋扈，隻維護他家族的利益而心生怨恨。

後來黃金家族趁瓦剌內亂擊敗也先，也先經此大敗依然驕橫如故，最終被永謝布部首領斬殺，瓦剌也因此被驅逐到天山一帶，而黃金家族再度崛起。

隻是黃金家族的崛起也是曇花一現，在內部的爭奪中再次陷入分裂。

蒙古各部落經過近百年的征戰，到明朝末年形成了以大漠為中心的漠南、漠北和漠西三部分。

漠南蒙古主要有科爾沁、察哈爾、土默特、鄂爾多斯等部，在努爾哈赤崛起後，利用蒙古內部的爭鬥，通過聯姻等方式與科爾沁等部結盟。

漠南各部在跟隨努爾哈赤征戰過程中，逐漸臣服於女真。

隻有漠南蒙古名義上的宗主察哈爾等幾部心懷不滿，並攻打科爾沁挑戰女真的權威，企圖奪回霸主地位，卻在崇禎八年被皇太極擊敗。